Нормално е..
От rpm glib-a се иснталира в /usr а от сорс в /usr/local,
тъй като най вероятно pkg-config тръси първо в /usr ти
намира само старата версия.
Или махни старата версия, или инсталирай новата от RPM, или
пък инсталирай наново новата като и дадеш да се инсталира в
/usr. Нещо такова:
#./configure --prefix=/usr
|