Здравейте,
 Имам следният въпрос, може да ви се стори много прост но ще
се радвам ако някой ми отговори.
 Инсталирал съм си Debian 3.1 в коя деректория се поставя
 скрипт който искам да се стартира винаги със зареждането на
 системата, например както в FEDORA или RED HAT (rc.local,
rc.xxxxx) се слагат в /etc/rc.d/

#cp file /etc/init.d && chmod +x /etc/init.d/file
#update-rc.d -f file defaults

 Не се поставя така, въпреки че и така може, но не е
 правилно. Скриптът се поставя на произволно място, където ти
 е удобно. Може и в init.d. Интегрира се в системата за
 стартиране и спиране на мрежовите интерфейси. Т.е. в
 /etc/network/interfaces с командите up, down, pre-up,
pre-down.

man interfaces;)

/var/lib/iptables/[in]active

Благодаря за поправката г-н Антонов:)