Njakoj znae li ima li nachin iptables protokoliraneto da
stava vav fail razlichen ot /var/log/messages

 ако под "protokolirane" имаш предвид просто логване, то май
 не се сещам как може да го насочиш към друго място. Може да
 използваш опцията "--log-prefix prefix" и после да grep -неш
системия лог

http://gnumonks.org/projects/ulogd + pom's ulog patch.