От три дена съм със Слак 9.0. 
Сложих му ядро 2.6 с module-init-tools
 Питанката е как мога да зареждам и ядра 2.4 при положение че
си търсят старото зареждане на модулите.

 здравей,

 ами аз също съм със Slackware 9.0 (клонящо
 към current) и си работи без проблем като
 има възможност да зарежда 2.4.26 или 2.6.5
 ядро без да се оплаква за модулите (а доста
 голяма част от ядрото ми е изнесена намодули)
 2.4.х търси конфигурация за модулите от 
 /etc/modules.conf, а 2.6.х - /etc/modprobe.conf
 мисля някъде другаде ти е проблема.

 Успех!

Незнам да ли ще ти помогне това, но аз правя така:
/usr/src/~linux/Makefile

.....
EXTRAVERISON = тук пиша например NEW
.....
и по този начин не ми се замазват старите модули.

Успех.