Imam si webuseri kato
domain.com/~webuser
 ne znam kak da nakaram apache da "Option Indexes", inache
celia domain.com si se listva, t.e. pravi si sam index-a.

 Трябва да четеш повече и да питаш по-малко :) На готово не е
 на добре. Да си дойдем на думата. За example.com/~username
ползваш следната директива в httpd.conf:

UserDir public_html 

# -> /home/username/public_html
# определя как ще се казва www директорията  
# Тези настройки по правата са критични:

chmod 0701 /home/username
chmod 0755 /home/username/public_html

още в httpd.conf:

UserDir disabled root
UserDir enabled username username2 ...

За Index-ите:

<Directory "/home/*/public_html">
    Options -Indexes
    AllowOverride None
    Order allow,deny
    Allow from all
</Directory>

 Това ще върне грешка 403 (Forbidden/Directory Listing
Denied)

Можеш със същия успех да ползваш

IndexIgnore .extension 

 Има доста други неща които са важни при Апачи и които трябва
да се съобразят, но ти отговарям на това което питаш :)

мерси