Здравейте,
описания проблем много прилича на случей с който се борих няколко седмици преди години. Отново ставаше дума за IBM Desktop server и отново проблем със зареждане от boot CD.
Тогава пробвах какво ли не: -сменях CD-та, флопита, кабели, дискове, дискети нищо не помогна.
Проблема според мен е в Биоса който не реагира нормално на настройките, или има някакви странни изисквания за периферията.
Решението за мен беше през SCSI CD-ROM. Настройх си SCSI контролера да бутва от CD-то и нещата станаха. Съжелявам че не цитирам точните модели на контролера и сървъра но беше отдавна. Дистрибуцията беше  RedHat.. но в случея мисля че няма значение. Та моя съвет: ако има на сървъра SCSI контролер да се насочи към него и ще спестиш много време и нерви. Какви ли не опити правихме (казвам правихме, защото проблема беше достатъчно интересен да се съберем с колеги и да умуваме на по бира) и решение за бутване през IDE/флопи интерфейса не намерихме.