намерихме решение >> http://www.agnivo.com/tech/vps-mysql-and-apache-optimization-guide-27.html

ето извадка от статистика с mysqlreport

MySQL 5.0.45-log         uptime 0 7:21:37       Thu Jul 16 15:29:54 2009

__ Key _________________________________________________________________
Buffer used     6.19M of 256.00M  %Used:   2.42
  Current      52.87M            %Usage:  20.65
Write hit      55.16%
Read hit       99.99%

__ Questions ___________________________________________________________
Total           1.82M    68.6/s
  DMS           1.58M    59.7/s  %Total:  87.00
  Com_        197.06k     7.4/s           10.84
  COM_QUIT     40.48k     1.5/s            2.23
  -Unknown      1.33k     0.1/s            0.07
Slow 1 s          322     0.0/s            0.02  %DMS:   0.02  Log:  ON
DMS             1.58M    59.7/s           87.00
  SELECT        1.54M    58.2/s           84.77         97.44
  UPDATE       18.79k     0.7/s            1.03          1.19
  DELETE       18.17k     0.7/s            1.00          1.15
  INSERT        3.59k     0.1/s            0.20          0.23
  REPLACE           6     0.0/s            0.00          0.00
Com_          197.06k     7.4/s           10.84
  set_option  126.57k     4.8/s            6.96
  change_db    67.91k     2.6/s            3.74
  admin_comma   1.59k     0.1/s            0.09

__ SELECT and Sort _____________________________________________________
Scan          297.94k    11.2/s %SELECT:  19.34
Range          71.30k     2.7/s            4.63
Full join       2.92k     0.1/s            0.19
Range check       247     0.0/s            0.02
Full rng join       0       0/s            0.00
Sort scan      99.30k     3.7/s
Sort range     30.32k     1.1/s
Sort mrg pass   5.63k     0.2/s

__ Table Locks _________________________________________________________
Waited             66     0.0/s  %Total:   0.00
Immediate       1.69M    63.8/s

__ Tables ______________________________________________________________
Open             1857 of 2048    %Cache:  90.67
Opened          1.86k     0.1/s

__ Connections _________________________________________________________
Max used           17 of  500      %Max:   3.40
Total          40.48k     1.5/s

__ Created Temp ________________________________________________________
Disk table     15.80k     0.6/s
Table          27.63k     1.0/s    Size:  32.0M
File           11.26k     0.4/s

__ Threads _____________________________________________________________
Running             1 of    1
Cached             16 of  192      %Hit:  99.96
Created            17     0.0/s
Slow                0       0/s

__ Aborted _____________________________________________________________
Clients            10     0.0/s
Connects            8     0.0/s

__ Bytes _______________________________________________________________
Sent            1.02G   38.5k/s
Received      197.90M    7.5k/s

__ InnoDB Buffer Pool __________________________________________________
Usage           2.00M of   2.00M  %Used: 100.00
Read hit       97.14%
Pages
  Free              0            %Total:   0.00
  Data            128                    100.00 %Drty:   0.00
  Misc              0                      0.00
  Latched           0                      0.00
Reads          11.19k     0.4/s
  From file       320     0.0/s            2.86
  Ahead Rnd         0       0/s
  Ahead Sql         0       0/s
Writes             31     0.0/s
Flushes            24     0.0/s
Wait Free           0       0/s

__ InnoDB Lock _________________________________________________________
Waits               0       0/s
Current             0
Time acquiring
  Total             0 ms
  Average           0 ms
  Max               0 ms

__ InnoDB Data, Pages, Rows ____________________________________________
Data
  Reads           330     0.0/s
  Writes           42     0.0/s
  fsync            34     0.0/s
  Pending
    Reads           0
    Writes          0
    fsync           0

Pages
  Created           0       0/s
  Read            320     0.0/s
  Written          24     0.0/s

Rows
  Deleted           3     0.0/s
  Inserted          0       0/s
  Read            296     0.0/s
  Updated           0       0/s

lkr, при старият сървър на който бяхме (shared hosting) нямаше проблеми с забиване на сайта заради заявки. Определено е нещо от конфигурацията. Вярно че стария имаше 1гб рам но пък на него бяха накачулени 250 домейна така че...
още повече, тоя сайт съм пробвал въпросната заявка и на друг сървър където заявката се изпълнява за 0.0х секунди а не за стотици.
Именно с оптимизации по конфигурацията на MySQL натовараването падна от 3.3 - 3.5 на към 0.5 до 1 и нещо

Ето я и заявката:

insert into jos_puarcade_leaderboarddetail ( id, userid, username, points )  select 1 ,s2.userid, u.username,  sum( 20 - (  select COUNT(DISTINCT s.userid)  from jos_puarcade s, jos_puarcade_games g2  where  s.userid != 0  and s.userid != u.id  and s.gameid = g2.id  and s.gameid = s2.gameid  and ((  s.score > s2.score and g2.reverse_score = 0  ) or (   s.score < s2.score and g2.reverse_score = 1  )) )) as points  from jos_puarcade s2, jos_users u  where s2.userid != 0  and s2.userid = u.id  group by s2.userid, u.username  having points > 0  order by points DESC  limit 0 , 20;

благодаря за бързия отговор, ще сменя настройката на key_buffer и ще проуча останалото   
това което знам в момента
-всички таблици са MyISAM
-има JOIN заявки като едната даже се наложи да я спра понеже отнемаше 3-4 минути
можеш ли да ми препоръчаш софтуер който да показва статистики на натоварването за големи периоди от време (както за MySQL така и за останалите неща). Не съм се занимавал много със сървъри до сега и това което използвам в момента са някакви (кажи-речи никакви) статистики от контролния панел и htop

Здрасти, наскоро си наехме виртуален съвър с CentOS. Машината има 512 MB RAM
интересува ме дали мога някъде да намеря примерни конфигурационни файлове за MySQL Server за оптимална работа такъв обем оперативна памет. Проблема идва от там, че default настройките на MySQL в CentOS са като да си тестваш PHP скрипт от 2 страници, а не като да поддържат голям сайт.
Всяка информация по въпроса ще е от полза (справочници, примерни файлове, книги etc.)
Добавил съм и съдържанието на файла с който в момента работи сървъра, предполагам че е далеч от това което би трябвало да бъде

[mysqld]
#skip-name-resolve
local-infile=0
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
long_query_time= 1
log_slow_queries=/var/lib/mysql/mysql.slow
query_cache_type = 1
user=mysql
# Default to using old password format for compatibility with mysql 3.x
# clients (those using the mysqlclient10 compatibility package).
old_passwords=1

#
# * Fine Tuning
#
key_buffer      = 128M
#more key buffer for better pref...
max_allowed_packet   = 8M
thread_stack=192k
thread_cache=192


max_connections        = 500
table_cache             = 2048
wait_timeout = 7200

#
# * Query Cache Configuration
#

#more query chache size for better pref...
skip-bdb

set-variable = innodb_buffer_pool_size=2M
set-variable = innodb_additional_mem_pool_size=500K
set-variable = innodb_log_buffer_size=500K
set-variable = innodb_thread_concurrency=2
[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid
skip-bdb


connect_timeout=10
delayed_insert_timeout=10
ft_min_word_len=4
interactive_timeout=20
join_buffer_size=2M
max_connect_errors=25
max_seeks_for_key=128M
max_tmp_tables=10
max_write_lock_count=128MB
myisam_max_sort_file=64MB
myisam_sort_buffer=1M
open_files_limit=5000
query_cache_limit=4M
query_cache=32M
range_alloc_block=4K
read_buffer=1M
read_rnd_buffer=2M
sort_buffer=2M
tmp_table=16MB