Пробвай със:
skype &
Ако не стане само така, опитай
Иначе, освен ако Убунту не са извратили нещата, можеш да си направиш launcher - отваряш си текстовия редактор, въвеждаш следния текст:
[Desktop Entry]
Name=Skype
Exec=skype
Icon=skype
Terminal=false
Type=Application
Categories=Network;InstantMessaging;
и го запазваш като skype.desktop в удобна за теб директория (може като администратор направо да го сложиш в /usr/share/applications/). На Icon= може да напишеш и път до иконките, които skype е инсталирал.
Ако го запазиш да речем в домашната ти директория, отваряш файловия браузър, отиваш в директорията и с двоен клик трябва да се стартира пограмата. Ако е в /usr/share/applications би трябвало да се появи в менюто с програми.
Всичко това е с уговрките, че е пробвано на други дистрибуции и потребителите на Убунту са свободни да ме поправят.