Еми или ги копираш един по един за да избегнеш от теб споменатите папки и файлове или това за което се сещам е rsync:
rsync -avz --exclude=www/ /srv/ /srv_new/
Това е просто пример който ти давам, копираш всичко от /srv/ в /srv_new/ като правиш exclude на папката "www" която се намира в /srv/www/ . Пътя на папките който не трябва да се копират е винаги относно папката в която се намират т.е. в случея www се намира в /srv/ и за това пишеш само --exclude=www/, ако искаше и да не копираш примерно папка с името test която се намира в /srv/new/test/ трябва да се напише --exclude=new/test/
До тук спирам с обясненията, можеш да научиш повече като прочетеш man - page на rsync.