Отговарям отзад напред.
За добавяне на страници може да ползваш
pdftk (PDF Toolkit):
pdftk myfile.pdf cat 1-4 6 9 ouput res.pdf
Горният пример взема страници 1,2,3,4, 6 и 9 от myfile.pdf и създава res.pdf
За орязване на страниците може да ползваш
pdfcrop: pdfcrop --margins "l t r b" myfile.pdf
където l=left, t=top, r=right, b=bottom, могат да бъдат и отрицателни.
Полезен е и
pdfnup - организира, върти, реже няколко страници в една A4 формат. За него ти трябва инсталиран LaTeX (ползва pdfpages).
Поздрав.