За PDF 2 Text не се сещам, но при мен работи като се освети текста и се даде copy to clipboard. И след това в текстови редактор среден клавиш paste, чрез Клипер.
PS: KPDF и има един rectangual select tool - та чрез него
ако бърка кодировките най-вероятно LC_CTYPE не е наред. при мен е LC_CTYPE=bg_BG и мисля че на cp1251.