Основният начин за конфигуриране на поддръжката или липсата на такава за даден пакет е чрез променливата USE във файла make.conf (освен нея има и други като ALSA_CARDS за кои звукови карти да се поддържат, APACHE2_MODULES за модулите на апача и т.н. - за пълния списък man make.conf). Конфигурациите зададени в този файл, make.conf, са глобални за цялата система (или по-точно portage) и важат при компилирането на всички пакети. Ако искаш да зададеш конкретни USE флагове за даден пакет, т.е. примерно pure-ftpd да поддържа нещо си, а останалите пакети да не се компилират с тази поддръжка, то това става във файла /etc/portage/package.use - този файл липсва при първоначална инсталация на системата, но не е проблем да си го създадеш и сам с текстов редактор, като съдържанието вътре е с такъв формат:
sys-kernel/linux-headers gcc64
sys-devel/gcc gcj objc-gc glibc-omitfp objc objc++
sys-libs/glibc glibc-omitfp
sys-apps/pciutils network-cron -zlib
В директорията /etc/portage има и други конфигурационни файлове, които се четат от portage, може да ги видиш и тях в документацията: man portage
Ако все пак решиш да промениш даден ebuild, най-добре е да го копираш в твое си локално repoсitory - примерно /usr/local/portage като там си създадеш същата структура на файлове и директориите, каквато е и в /usr/portage и там да си сложиш съответния променен ebuild и да експериментираш с различните му промени. Така при ъпдейт на portage ebuild-a ти ще се запази.
Ако пък искаш да промениш параметрите за компилатора (./configure, make.... etc), за това нещо лесен начин няма доколкото знам - те се задават в профила, който си избрал да ползва portage. Можеш да направиш следното - погледни възможностите на ebuild - с нея можеш да изпълниш компилирането на даден пакет стъпка по стъпка - разархивиране, конфигуриране, компилиране, инсталиране и т.н., като евентуално на някоя от стъпките можеш да направиш промените, които те интересуват.