Като затворя терминала се спират.
Пробвай
if ...; then metacity --replace &; disown; else compiz --replace ccp &; disown; fi
Щом ползваш скрипт, не е нужно всичко да е на 1 ред, за по-удобно:
if ps -C compiz
then
metacity --replace &
disown
else
compiz --replace ccp &
disown
fi