Ще допълня казаното от zeridon, пробвай с
# emerge --newuse --pretend --verbose --deep system
# emerge --newuse --pretend --verbose --deep world
След което започваш да си пренаписваш package.use файла докато нищо не иска да се emerge-ва.
За да се предпазиш от подобни проблеми по-нататък вместо разните магии с echo, можеш да използваш flagedit (app-portage/flagedit). Единствения му проблем е, че не може да работи със sets (има ги във версиите на portage 2.2.x) нито пък ако конфигурационните файлове са разделени (package.* могат да бъдат директории и тогава се чете съдържанието на всички файлове в съответната директория - по-удобно е ако честичко се променят настройки). Повече за flagedit:
http://en.gentoo-wiki.com/wiki/USE_Flags#flagedit. На страничката има и други инструменти за работа с portage, но съм работил само с flagedit, затова не се изказвам за тях
П.П: Нямам gentoo пред мен за да изпоробвам опциите, но предплагам че си схванал идеята. Възможно е flagedt вече да се справя с проблемите, които посочих, но нямам как да пробвам.