$ mencoder input/file -oac copy -ovc copy -sub sub/file -o output.file
Това проработи за мен. Всъщност не така а при -oac twolame -ovc lavc но предполагам че е от това че тествах с някакво mp4 от youtube.
Може да постнеш въпросната грешка която ти изкварва. Обикновенно там пише какво ти трябва и може да се опиташ да разбереш как да си ги набавиш. А евентуално някой с повечко опит може да ти каже ако види грешката.
p.s. за предишната решение ще ти трябва mplayer а за това mencoder.