Използвам symbolic link-а в директорията на certbot - /etc/certbot/live/<domain>. След подновяване само рестартирам сървиса. Подновяването и рестартирането са cron задачи. Какъв е проблема всъщност?

Вероятно SELinux не позволява на процеса да стартира на нестандартен порт. Може временно за проба да опиташ setenforce 0 и да видиш дали стартира. Ако всичко е наред ще трябва да си поиграеш да създадеш policy за услугата на 54 порт.