Ако си качил PHP-то от хранилищата (чрез apt, aptitude, synaptic, не съм сигурен за dpkg...), да, PHP-то се обновява заедно с обновяването на цялата система, когато пуснеш такова обновяване, или ако го обновиш самостоятелно с някой от горепосочените инструменти.
Ако си качил PHP-то от tarball (tar.gz, tar.bz2, tgz) с компилиране, то тази инсталация не се влияе от автоматични обновления на системата