Автор Тема: Линукс и R скриптове  (Прочетена 1691 пъти)

kuunlaaksot

  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 177
  • Distribution: CRUX
    • Профил
Линукс и R скриптове
« -: Feb 26, 2024, 16:07 »
Здравейте, гледам тука различни езици са зачекнати, та ми е интересно някой за нимава ли се или се е занимавал с R? В случай, че "да", някакви препоръки за дистрибуция, която идва с много R модули?
Активен

lunarvalleys

ddantgwyn

  • Global Moderator
  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 1262
    • Профил
Re: Линукс и R скриптове
« Отговор #1 -: Feb 27, 2024, 20:14 »
Здравейте, гледам тука различни езици са зачекнати, та ми е интересно някой за нимава ли се или се е занимавал с R? В случай, че "да", някакви препоръки за дистрибуция, която идва с много R модули?

Хм, доколкото знам трябва да го има в повечето дистрибуции, но за модули не съм проверявал.

Какво точно ти трябва? R беше специфичен език, доколкото помня, за статистика.
Активен

the lamer's team honourable member

kuunlaaksot

  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 177
  • Distribution: CRUX
    • Профил
Re: Линукс и R скриптове
« Отговор #2 -: Feb 27, 2024, 20:49 »
да, R го има за повечето дистрибуции, дори CRUX идва с порт за него в contrib хранилището.

Знам за Debian и оттам Ubuntu, че имат модули. Да речем Seurat от CRAN. А иначе, R отдавна не се използва само в статистиката, като цяло се ползва за обработка на (всякакви) данни. Примерът по горе е за анализ на single cell / spatial transcriptomics, нещо специфично за биологията, и на мене такива модули ми трябват.

Мисля, че Arch Linux имат богато хранилище, но дистрото не ми е точно по вкуса... ако не беше пустият systemd може би щях да му дам шанс пак.
Активен

lunarvalleys

ddantgwyn

  • Global Moderator
  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 1262
    • Профил
Re: Линукс и R скриптове
« Отговор #3 -: Feb 27, 2024, 21:22 »
да, R го има за повечето дистрибуции, дори CRUX идва с порт за него в contrib хранилището.

Знам за Debian и оттам Ubuntu, че имат модули. Да речем Seurat от CRAN. А иначе, R отдавна не се използва само в статистиката, като цяло се ползва за обработка на (всякакви) данни. Примерът по горе е за анализ на single cell / spatial transcriptomics, нещо специфично за биологията, и на мене такива модули ми трябват.

Мисля, че Arch Linux имат богато хранилище, но дистрото не ми е точно по вкуса... ако не беше пустият systemd може би щях да му дам шанс пак.

Имам усещането, че не трябва да търсиш модули в дистрибуциите, все пак те ти дават някаква основа, на която да надграждаш каквото ти трябва.

На първо четене ми излезе това - R for Biologists, предполагам, че ти е известно. Може би ще трябва да търсиш специализирани сайтове за модули за R, а не да се чудиш коя дистрибуция да използваш (imho).
Активен

the lamer's team honourable member

kuunlaaksot

  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 177
  • Distribution: CRUX
    • Профил
Re: Линукс и R скриптове
« Отговор #4 -: Feb 27, 2024, 21:36 »
е, модули се инсталират от самия Р, подобно на Perl с неговия CPAN. Аз за момента си имам решение, просто ми беше интересно за другите дистрибуции ако някой има поглед. А и реших да взема да задам в сайта за линукс въпрос свързан линукс, ей така, за разбообразие...

а това дето си пратил, не ми бепе известно, но е доста рудиментарно
Активен

lunarvalleys

4096bits

  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 6345
    • Профил
Re: Линукс и R скриптове
« Отговор #5 -: Feb 27, 2024, 22:14 »
е, модули се инсталират от самия Р, подобно на Perl с неговия CPAN. Аз за момента си имам решение, просто ми беше интересно за другите дистрибуции ако някой има поглед. А и реших да взема да задам в сайта за линукс въпрос свързан линукс, ей така, за разбообразие...

а това дето си пратил, не ми бепе известно, но е доста рудиментарно
Последния провал на Google нали го знаете. С ИИ-то им, което отказва да генерира картинки на бели хора.
Активен

As they say in Mexico, "Dasvidaniya!" Down there, that's two vidaniyas.

kuunlaaksot

  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 177
  • Distribution: CRUX
    • Профил
Re: Линукс и R скриптове
« Отговор #6 -: Feb 27, 2024, 22:19 »
мисля, че нещо обърка темите...  :P
Активен

lunarvalleys

ddantgwyn

  • Global Moderator
  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 1262
    • Профил
Re: Линукс и R скриптове
« Отговор #7 -: Feb 27, 2024, 22:48 »
е, модули се инсталират от самия Р, подобно на Perl с неговия CPAN. Аз за момента си имам решение, просто ми беше интересно за другите дистрибуции ако някой има поглед. А и реших да взема да задам в сайта за линукс въпрос свързан линукс, ей така, за разбообразие...

а това дето си пратил, не ми беше известно, но е доста рудиментарно

Ами R имат CRAN :)

Просто нямам идея какво точно ти трябва, за това съм и толкова неконкретен. А и защото не ползвам R в момента, щях да го ползвам, ако бях останал инженер :)

Мисълта ми беше, че надали в дистрибуциите ще се ангажират да доставят много модули за R, по-скоро ще трябва ти да си ги намираш и инсталираш.
Активен

the lamer's team honourable member

kuunlaaksot

  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 177
  • Distribution: CRUX
    • Профил
Re: Линукс и R скриптове
« Отговор #8 -: Feb 28, 2024, 13:48 »
Цитат
Мисълта ми беше, че надали в дистрибуциите ще се ангажират да доставят много модули за R, по-скоро ще трябва ти да си ги намираш и инсталираш.

а, аз съм си намерил решение -- написах си туулче да ми генерира портове за модули от CRAN и BioRender, бетер със зависимостите. Та всичко е на 6. Като искаш нещо да стане като хората, направи го сам. В момента имам към 400 такива порта, та си играя на пакетен мейнтейнър, въпросът е че тая идилия не съм сигурен колко време ще продължи, та се оглеждам.  ;)

А причината, че искам модулите да са част от пакетната система на дистрото, е че понякога зависят от нещо извън R. И ако има промяна в такава зависимост, бидейки инсталирани извън пакетната система, инструменти като revdep няма да хванат проблема. Примерно, ъпдейтнаха libxml2, и един (вече нев помня кой) модул се строши, ама го разбрах баш когато се опитах да го заредя заради някакъв скрипт. И преди да чуя съвета "ползвай дистро дето не прави такива неща" -- Slackware направи същата простотия за стабилния си клон, та сума ти хора от SlackBuilds.org пропищяха с чупещи се пакети дето зависят на libxml2.

както и да е, беше ми приятно да си полафя за Линукс
Активен

lunarvalleys

ddantgwyn

  • Global Moderator
  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 1262
    • Профил
Re: Линукс и R скриптове
« Отговор #9 -: Feb 28, 2024, 19:22 »
Цитат
Мисълта ми беше, че надали в дистрибуциите ще се ангажират да доставят много модули за R, по-скоро ще трябва ти да си ги намираш и инсталираш.


както и да е, беше ми приятно да си полафя за Линукс

 [_]3
Активен

the lamer's team honourable member

4096bits

  • Напреднали
  • *****
  • Публикации: 6345
    • Профил
Re: Линукс и R скриптове
« Отговор #10 -: Feb 29, 2024, 00:13 »
мисля, че нещо обърка темите...  :P
Да, форумчето понякога прави това. При логване си на друго място
Активен

As they say in Mexico, "Dasvidaniya!" Down there, that's two vidaniyas.