Точно това съм му казал, че ако иска всичко на готово - във форум не става. Ако предполагаш, че на дадено място има хора с еди какви си знания и се надяваш да измъкнеш от тях безплатно информация която ти нямаш то трябва да им представиш нещата така, че да не ги затруднява да ти дадат бърз отговор. Иначе е малко вероятно някой да се занимава.
Пуснал е част от mysql конфигурация и говори за дълги query-та. Като начало може да пусне slow query log-а и да каже отделно, че за бавни query-та смята такива над секунда. След това с mysqldumpslow да ги прегледа и според каквито са резултатите ако може да ги оптимизира. Според зависи какви са таблиците за някои е по добре да се ползва myisam storage engine, за други е по-добре innodb (за отделните имаш различни опции за отдаване на хардуерни ресурси в mysql конфига). Ако не могат да се оптимизират то тогава според случая може да се сложи и някакъв caching layer м/у клиента и mysql сървъра.
Варианти много ... повече информация за mysql tuning:
http://www.mysqlperformanceblog.com/