колегата cybercop ме е изпреварил, но все пак да допълня:
От домашната си папка копирай някъде цялата папка .mozilla. В нея са ти и отметките (и други работи). После я възстанови на новоинсталираното. Ако искаш - направи си резервно копие на отметките и изтрий папката, за да започнеш на чисто.
да, най-добре е така - може да преместиш на друг компютър без никакви загуби.
.mozilla е скрита директория в /home/user (където user е твоето потребителско име). в зависимост как се опитваш да я отвориш, може да е нужно да разрешиш показването на скрити файлове/директории. в dolphin (файловият мениджър на KDE) това става от менюто View -> Show Hidden Files
конкретно отметките (bookmarks) се намират в директорията /home/user/.mozilla/firefox/потребителски_профил под името
places.sqlite