Защо не пробваш да конвертираш клипчето с mencoder преди да го отвориш с Avidemux. Щом само аудиото е проблемът нещо такова трябва да ти свърши работа:
mencoder -ovc copy -oac mp3lame -lameopts mode=1:vbr=2:q=2 camera.file -o new_camera.file
Където
camera.file ти е оригиналния файл от фотоапарата, а
new_camera.file е новият файл, който трябва да отвориш с Avidemux.