Тази статия наистина ми помогна да си реша проблема с LXDE и клавиатурната подредба.

Ето какво направих аз за да се стартира всеки път ...
 - във файла autostart добавих командата описана по-горе, при мен това е:
- файлът се намира в ~/.config/lxsession/LXDE, но може и да го няма все още, така че да се наложи да бъде създаден.
- това трябва да се направи за всеки потребител който иска да ползва различни клавиатурни подредби.

Друг вариант би бил да се сложи в /etc/xdg/lxsession/LXDE/autostart, но това не съм го пробвал. В този случай би трябвало да тръгва за всеки потребител. Всъщност правил съм го, но за друга програма - conky - работи безпроблемно.

За индикация ползвам панела който се предоставя с LXDE.