hanbrake
http://handbrake.fr/ но последната версия сложи, че старите не приемат за сорс файл нищо освен ДВД-Видео, конвертира в h264, надявам се да не ти е проблем. Ето как се компилира за дебиан и убунту (доста лесно)
sudo apt-get install subversion yasm build-essential autoconf libtool zlib1g-dev libbz2-dev intltool libglib2.0-dev libdbus-glib-1-dev libgtk2.0-dev libhal-dev libhal-storage-dev libwebkit-dev libnotify-dev libgstreamer0.10-dev libgstreamer-plugins-base0.10-dev
svn checkout svn://svn.handbrake.fr/HandBrake/trunk hb-trunk
cd hb-trunk
./configure --launch
След това отиди в директорията build/gtk/src (това във папките където компилираш, не в руут директорията) и изпълни
Естествено можеш и да го инсталираш, аз не намирам за нужно, решаваш сам.
http://trac.handbrake.fr/wiki/CompileOnLinux