Понеже /home ти е в отделен дял провери дали не се е случило така, че програма да се е стартирала преди /home да е бил монтиран и в папка /home на основният ти дял да има записани файлове (под монтираната файлова система, така че с df няма как да ги видиш).

За целта можеш или временно да демонтираш /home (след като спреш програмите, които я ползват) или да използваш bind-mount.