Както се каза toxigen - опитай се да разделяш нещата на модули. Една добра идея за разделяне е да отделяш тези, който имат интерактивна част (html) и тези които нямат. Също може да изполваш version control system. Препоръчвам ти CVS като най добра (cvsnt.com - сървър, wincvs.org - графичен клиент за Windows, MacOS и Linux). Ако някой ден, дай боже, и друг се включи в проекта ти ще му е лесно да навлезе бързо. CVS представлява място, където се съхраняват файлове - и при всяко качване (upload) програмистите слагат коментар какво са променили, като самия CVS пази всички версии които са качени (само разликите и е лесно да се връщаш назад да видиш от къде, например, е дошъл някакъв проблем). Това да се стигне до такива големи файлове при php намеква за проблеми във дизайна, опитай се да го оптимизираш - използвай външни елементи (xml, html темплйти и т.н.).

Успех.