Кои папки наричаш "направени от теб"? Кой е FTP сървърът? Как изглежда конфигурационният му файл при теб? Какви потребители използва - реалните потребители на системата, база данни с потребители, ldap потребители...?
Общият отговор на общия ти въпрос е - трябва да се смени домашната папка на потребителя (или потребителите), с който (които) влизаш през FTP