Абе то и аз едни съвети давам, но поне се опитвам да помогна. Малко съм те заблудил.
Първо виш дали въобще се е инсталирал phpmyadmin-a като питаш в конзолата:
venelin@laptop:~$ whereis phpmyadmin
phpmyadmin: /etc/phpmyadmin /usr/share/phpmyadmin
Ако не може да го открие, значи не е инсталиран. Ако го открива, продължавай да четеш нататък.
В директорията "/etc/apache2/conf.d" би трябвало да има връзка (а не файл), към "/etc/phpmyadmin/apache.conf"
Като за начало първо провери дали имаш файл "apache.conf" в "/etc/phpmyadmin". Ако имаш, трябва да направиш символна връзка от /etc/apache2/phpmyadmin.conf към /etc/phpmyadmin/apache.conf :
venelin@laptop:~$ cd /etc/apache2/conf.d
venelin@laptop:/etc/apache2/conf.d$ sudo ln -s /etc/phpmyadmin/apache.conf phpmyadmin.conf
Винаги, когато правиш промени по конфигурационните файлове на Apache, незабравай да презаредиш конфигурацията (в общия случай няма нужда от рестарт):
sudo /etc/init.d/apache2 reload
И все пак, когато е правена автоматична инсталация (през apt-get), според мен, най-добре е пак да се повтори, като първо изтриеш сегашната (apt-get remove phpmyadmin) и после пова инсталация.