Ами виж какво се записва в mysql-a
Никой не може да ти каже така. Ти какво точно триеш? Логовете физически файлове ли са, или се записват в БД? Друг вариант за това, че мястото намалява е, че може да се трупат логове ... провери /var/log какво садържа, провери също и дали имаш пуснат logrotate. Другото което може да се направи е вместо да ги търкаш на ръка, да автоматизираш процеса с crontab.
Та така, общо взеето ме съмнява някой да отгатне точно какъв е проблема при теб.