Цялата папка я изтрих
Коя папка си изтрил? ~/.local/share/applications? Дали в по-горните напътствия щях да ѝ зная името, ако не беше системна папка, а беше създадена от теб, че да става за триене?

Не е фатално, най-много да си изгубил от менюто някой и друг стартер (.desktop файл) за някои програми, решили да си сложат стартерите там, а не в глобалната /usr/share/applicatons, но това е рядкост, а вероятно си загубил и някой и друг указател за това с коя програма да се отварят някои типове файлове, за които ръчно си указвал предпочитаната програма, но ще си ги нацъкаш пак. Но задължително преди това трябва отново да създадеш папката с команда, изпълнена като обикновен потребител:
mkdir ~/.local/share/applications
След изтриването на файла starthere.desktop може да се налага да рестартираш графичната среда (или цялата система), за да изчезне иконката от там, където я гледаш. А може и запис за нея да се пази в някоя папка с кеш, но... Мда, липсва снимката на екрана, за да се изяснят някои неща.
Снимката на екрана не става ли така, както по принцип правиш снимка на екрана? Нямаш програма за снимки на екрана или не успяваш да снимаш точно това applications? Ако е второто, няма ли отложено снимане в програмата ти за снимки, че междувременно да отвориш нужното?