"Апликациите" се стартират нормално - от главното меню (само не ме питай какво е това и къде е, че ще трябва да те пратя на очен лекар) . По принцип, изпълнимите файлове се намират в директория /usr/bin .Така че, ако някоя програма не е записана в менюто, може да се добави в него.
За инсталиране на програми се ползва или конзолата (ако знаеш точното име на пакета) или графична програма - adept или synaptic. Ще ги намериш в менюто в секция система. Xchat го има в репозиториите, скайпа си го сваляш от сайта - търсиш файл с разширение .deb . Абе ето ти един сайт за Дебиан:
http://debianbg.wordpress.com/Там съм описал как се инсталира софтуер на Debian.