Предполагам, че fglrx се е скапал, т.к. си сменил ядрото, а за такъв тип компилирани ядра се иска прекомпилация на този модул. Обикновено след като си инсталираш собствено ядро ако искаш да имаш пълнофункционален видео драйвер на ATI (fgrlx собственическия драйвер на ATI), то се налага да си прекомпилираш драйвера, т.к. в хранилището на Убунту има прекомпилирани драйвери само за ядрата, които са налични в техните хранилища.
Така че теглиш сорса на ATI драйвера (казва се fglrx) от хранилището и го прекомпилираш. Или теглиш драйвера от сайта на ATI, четеш и използваш техния инсталатор, за да ти инсталира и прекомпилира техния драйвер. Другия вариант е временно да ползваш свободния вариант на ATI драйвера нар. radeonhd, докато си оправиш текущите бакии.
Ето малко инфо да се ориентираш как може да направиш това написано за Дебиан (за Убунту е почти същото, най-много да има разлика само в имената на пакетите за fglrx сорс кода):
http://www.linux-bg.org/forum/index.php?topic=33922.0Сега при това май ще ти трябват инсталирани хедърите и/или сорса на ядрото.
Има и нещо друго не знам с текущия X.Org 1.6, която ти имаш дали fglrx драйвера работи, т.к. тука във форума има оплаквания, че има и такива проблеми.