Изобщо няма нужда да се настройва енкодинга на субтитрите при VLC
Нъц! При мен за да тръгнат нормално субтитрите трябва да се мине през Използване на субтитри - Разширени - Енкодинг - 1251 (свободен превод от английски). Явно зависи от версиите и локала - Kubuntu 8.04, VLC (не мога да проверя в момента версията), английски (US локал).