Не даваш много информация как точно прекомпилираш ядрото и модулите, но предполагам че използваш нещо от рода на например:
genkernel --install --oldconfig --loglevel=5 --bootloader=grub --xconfig all
module-rebuild -X rebuild
като преди това си се уверил, че
eselect kernel show показва ядрото за което компилираш...
Като цяло ebuild-овете на някои модули не са добре написани и ако компилираш модул за ядро което в момента не е активно, по-добре е да спазиш следната последователност (има и други начини, но все пак това е най-чистият когато се проследява такъв проблем):
- Избираш ядрото за което компилираш с eselect kernel set 2 например.
- Пускаш например genkernel --install --oldconfig --loglevel=5 --bootloader=grub --xconfig all
- Рестартираш компа (някои от модулите ще дадат грешка при зареждане, но в повечето случаи тя не е фатална освен ако не са модулите на графичният драйвер)
- module-rebuild -X rebuild
- Рестартираш и всичко трябва да е наред
Ако пък прекомпилираш нещата за работещото в момента ядро, преди да тестваш даденият модул го премахни с
rmmod,
след което опитай:
updatedb
locate МОДУЛА
depmod -a
insmod <пътя до МОДУЛА.ko>
И кажи какъв е резултата

Така или иначе малко повече инфо за това как правиш нещата ще е от полза

(напр. dmesg редовете касаещи опита за зареждане на въпросният модул)...