Ако прибегнеш до командите за смяна на правата, няма да е зле да си направиш резервно копие на домашната папка. С тези команди едва ли ще я омажеш повече, отколкото вече си я омазал, но все пак

Резервно копие може да направиш с командата
sudo cp -R -p ~ /home/backup
Тази команда ще копира цялата ти домашна папка в папката /home/backup, като ще запази текущите права и собственици на папките и файловете, така че, ако нещо се обърка, просто триеш старата си домашна папка и копираш (или директно преименуваш) резервната да се казва като старата.
Ако имаш Skype, който ползва папката ~/.Skype, може след общите команди за смяна на правата да изпълниш тези две команди (вече без sudo)
find ~/.Skype -type d -exec chmod 0700 {} \;
find ~/.Skype -type f -exec chmod 0600 {} \;
тъй като Skype по принцип ползва такива права, макар че и с общите права няма да има проблем - снижените права върху файловете на Skype е с цел други потребители в системата да не достигнат до твоите разговори.
Двете команди за Skype можеш да ги изпълниш и върху папките ~/.cache , ~/.mozilla , ~/.config/google-chrome (ако имаш такъв), ~/.gconf
Възможно е да има и някои други, зависи какви програми имаш инсталирани. Възможно е да има други, на които правата са съвсем различни (например, 0444)... но, пак казвам, цялото натъкмяване и в най-малките подробности едва ли ти е нужно. Тези, които ти описах досега, са достатъчни. А, да, ако имаш някакви скриптове в домашната си папка, които са имали зададен флаг за изпълнение, ще трябва да им го добавиш допълнително поотделно за всеки един скрипт, но ако имаш твои скриптове там, би трябвало да знаеш къде са и какво да ги правиш.
Не съм запознат с CS (и като цяло с правата на wine и подобните), може да изисква някакви специфични права, но това ще го видиш в последствие, ако нещо дава грешки.