Има ли смисъл да се разделя диска на отделни дялове за
 /usr,/var,/home и т.н. както предлага по подразбиране
 инсталацията на BSD'то!? И при така разделен диск ако се
 наложи преинсталация на системата ще се загубят ли
допълнително инсталираните програми и настроики???

da i da

 Да има смисъл да ги делиш така - всеки си има определена цел
на "съществуване".
 Има начини за "доказване на работоспособност" - определен
 ред на разделяне на твърдия диск, в зависмост от това каква
функция ще изпълнява машината ти.
При преинсталация - коя ос като я преинсталираш не се губи?
 Правиш back up на системата си: dump и tar в зависимост
какво искаш да запазиш.
 Absolute BSD The ultimate guide for Freebsd - намери от
 някаде книгата и най-вече разгледай самото ръководство на
FreeBSD 
Успех