Идеята с две думи е, че тези директории (съотв. дялове) са потенциално опасни, защото от тях се изпълняват потребителски програми, команди, съхраняват се потребителски, а не системни данни и т.н.. Ако са на отделни дялове тези дялове могат да се монтират със съответните опции (nosuid, noexec, .... etc) така че да се повиши сигурността на системата.
Сега конкретно за Gentoo - ако ще го ползваш за десктоп, според мен няма особен смисъл да разделяш харда на няколко дялa за /var , /usr, /home, .... и може да спазваш предписанията в
Gentoo handbook. Ако ще ползваш системата за нещо повече, където ти е нужна повече сигурност може да погледнеш тук:
Gentoo security handbook