След около 3 месеца най-после разбрах къде е причината за проблема и как се оправя

'> Е по-добре късно, отколкото никога

'>
Та значи оказа се, че проблемът е точно в KMix-a. При стартиране на KDE, KMix си възстановява собствени настройки на миксера, който се оказват различни от тези, които са настроени от alsamixer. Единият от начините за оправянена този проблем е да се укаже при стартиране на KDE да се въстановявт настройките на миксера (alsactl restore). Другият начин е да се премахне опцията в KMix, според която KMix си въстановява натройките при логин.
Също така е хубаво да се настрои aRts-a на Full duplex, макар че при мен работи и дори да не беше на Full duplex,но на Full duplex микрофонът записваше много по-чист звук.
Конспирацията е разгадана

'>