Интересен въпрос.
Ако го ползваш (пишеш/триеш) само от линукс, такъв tool не ти е необходим. Ако е смесена среда, тогава ще ти се наложи. От набързо прочетеното за
vfat defrag в google, оставам с впечатлението, че няма, но съм прочел само синопсиса на първа страница