Не знам дали ще ти е от полза, но едва ли е по различно в линукс, та ето как става поне в OpenBSD
# openssl genrsa -out /etc/ssl/private/server.key 1024
# openssl req -new -key /etc/ssl/private/server.key \
-out /etc/ssl/private/server.csr
# openssl x509 -req -days 365 -in /etc/ssl/private/server.csr \
-signkey /etc/ssl/private/server.key -out /etc/ssl/server.crt
Дано ти е от полза, а уеб сървъра не е от значение какъв е, само трябва да зададеш в конфиг файла пътя до сертификата