Като махнеш рекурсивно Execute флага (от Permissions) на Директориите (от / ) за Other Users! Същото важи и за "командите", които всъщност са програмки, но зависи за кои става въпрос. Предполагам става въпрос за основните, които се намират в /bin, но ако не намираш всички, погледни и в /usr/bin. Там може да е твоята програмка.
Успех.
ПП: Не обърнах внимание на "да могат само във тяхната директория да работят", т.е. искаш все пак да могат да виждат съдържанието на директориите от / или греша.
Пропуснах да спомена, че ще трябва да се промени и правото на всеки един от потребителите - той да е собственика на папката и неговата група... Other Users не трябва да имат право на Четене или Изпълнение на файлове, но това зависи от намеренията ви, за целта махате съответните флагове.