cd директорията
./файла.sh
По-точно или
GeSHi (Bash):
cd директорията
chmod a+x файла.sh
./файла.sh
или
GeSHi (Bash):
cd директорията
sh файла.sh
За .run трябва да е същото. Отделно, може да пробваш дали netbeans-а, който ти трябва, го няма в хранилищата на дистрибуцията, откъдето да го инсталираш.