Привет!
за повечето от програмите изобщо не ти трябва да ги теглиш от сайтове. Достатъчно е да си пуснеш пакетния мениджър (Synaptic) - намира се в System менюто.
Специално за Берил - берил е вече остарял проект, който се сля с Compiz и резултата се нарича Copiz Fusion. Убунту 7.10 инсталира негова поолекотена версия. Отиваш пак в System и намираш Appearance и там в последния (май 4-я) таб (и май се наричаше Visual Effects) си включваш ефектите на максимум. Ако го няма този таб или не са достъпни настроките му означава, че Copmiz не ти е инсталиран. Тогава Synaptic е твой приятел - инсталираш си compiz от него и voala.
Историята с 3Д десктопа има 'малка' особеност - трябва да си си инсталирал драйвери за видеокартата поддържащи 3Д ускорение. Ако си с някое по-ново Интелско видео - Убунту-то ще я е свършило тази работа вместо теб. Ако си с Ати или НВидия - тук в сайта, а и из нета статии по въпроса бол
Скайп и Опера би трябвало да ги има в хранилищата на Убунту (разбирай пакетния мениджър), но трябва да си си разрешил допълнителните repositories - виж в Synaptic->Settings->Repositories->3rd party software. Много е вероятно там да не са най-най-най-последните версии. Ако държиш толкова на тях търси в сайтовете им пакети за Ubuntu, изтегли си ги и си го инсталирай (как? имаше някаква графична програма за целта - adept ли какво беше не помня. По лесния начин е да си пуснеш 1 терминал и да напишеш в него sudo dpkg -i името_на_пакета.deb)
И последно - ако ще се занимаваш с убунту то
http://www.ubuntuforums.org ще ти е много добър приятел