Алтернативите ги сменяй с
GeSHi (Bash):
update-alternatives --config <alternative name>
Ще ти покаже кои са всички възможности и ще те пита коя искаш.
И това за всички алтернативи за java:
java, javac, javah, javaws ...
За plugin-a e:
GeSHi (Bash):
update-alternatives --config firefox-javaplugin.so
Не мисля, че това е проблема, тъй като казваш, че под root си върви.