Понеже се спомена за математически изчисления, аз гравитирам малко покрай тая работа и мога да спомена следните програми:
1) Octave + QtOctave (GUI за Octave) - подобие на Mathlab за Линукс;
2) Maxima + wxMaxima (GUI за Maxima) - подобие на Maple/Mathematica. Не е със същата функционалност, но за без пари става;
3) Euler - подобен на Maxima;
4) Elmer - числено решаване на уравнения по метода на крайните елементи;
5) FreeMat - подобие на Mathlab;
6) SciLab - вече го споменахте. Числени сметки.
7) Sage - обединява много математичен софт в едно, има web interface и се води state of the art в отворените среди.

и т.н.