Всъщност ти говориш глупости :)
Compiz не е писан с GTK+. Наистина може да се интегрира с GNOME ако го компилираш по този начин. Но с определена комбинация от флагове може да изключиш всичко свързано с GNOME. Дори може да ползва темата на KWin и kconfig за запазване на настройките.